支原体污染在细胞长期培养过程中经常出现且不易消除，据调查及研究显示，实验室30%-60%细胞都被支原体污染过，其中95%以上是由口腔支原体(M.orale)等5种造成。支原体污染初期, 高倍镜下观察细胞无明显变化但有细小黑色颗粒；随培养时间延长，尽管培养液不浑浊，但pH值变化明显、颜色变黄，在污染后期引起细胞变形，对后续科研产生严重影响，因此在细胞培养过程中进行支原体检测与防治十分必要。
细胞被支原体污染后清除工作特别困难，常见的去除支原体方法包括裸鼠过继法、克隆法、加热去除法以及药物处理方法等。
裸鼠过继法操作比较繁琐，易造成裸鼠细胞污染；克隆法只适用于污染较轻的细胞，由于支原体对热耐受性较差，将细胞置于41℃加热5-10h（依据细胞本身的耐热性确定作用时间）以杀灭支原体。由于上述方法的局限性，目前实验室大多采用抗生素进行处理并取得较好的效果，有效抑制支原体活性的抗生素主要为四环素类、大环内酯类等。
细胞培养过程中的支原体，是一个世界性的难题。当细胞（特别是传代细胞）被支原体污染之后，细胞内部的DNA、RNA以及蛋白表达发生改变，而细胞的生长率一般并未发生显著的影响，因而细胞被支原体污染一般难以察觉。因此，根据实验室的管理经验，支原体污染的预防就显得尤为重要。
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